Pelayanan kesehatan yang diberikan Rumah Sakit Harapan Jayakarta semula masih sangat sederhana, yaitu terdiri dari rawat jalan, kemudian diikuti rawat inap dengan beberapa tempat tidur. Namun semakin besarnya permintaan masyarakat akan pelayanan kesehatan di Rumah Sakit Harapan Jayakarta, menuntut Rumah Sakit Harapan Jayakarta untuk terus melengkapi fasilitas pelayanannya, yang diawali dengan mulai masuknya dokter spesialis di tahun 1991. Sehingga pelayanan pada saat itu mencakup pelayanan medik dasar (Primary Medical Care), pelayanan spesialistik dan penyelenggaraan sanitasi Rumah Sakit Harapan Jayakarta yang didasarkan pada unsur kemampuan pelayanan medik yang optimal dan bermutu, ketenagaan (SDM) yang terampil, berdedikasi, dan jujur yang ditunjang dengan fasilitas dan teknologi yang tersedia.
Pada tahun 2015, Rumah Sakit Harapan Jayakarta yang sebelumnya adalah rumah sakit kelas D berubah menjadi rumah sakit kelas C berdasarkan Keputusan Kepala Dinas Kesehatan Provinsi DKI Jakarta Nomor 783 Tahun 2015. Hal tersebut meningkatkan kemampuan RS Harapan Jayakarta dalam melayani kebutuhan pelayanan kesehatan masyarakat secara maksimal
Hingga saat ini Rumah Sakit Harapan Jayakarta telah menerima banyak rujukan dari Puskesmas, Rumah Bersalin, perusahaan-perusahaan bahkan dari rumah sakit lainnya, melalui kerjasama dengan beberapa asuransi kesehatan dan Badan Penyelenggara Jaminan Sosial (BPJS). Seiring dengan semakin meningkatnya persaingan rumah sakit di masa mendatang, Rumah Sakit Harapan Jayakarta diharapkan makin memperluas ragam pelayanan dan meningkatkan kualitas pelayanan kesehatannya
Menjadi Rumah Sakit rujukan pertama bagi masyarakat di wilayah Jakarta Timur